«Талантливый, тонкий пейзажист», — говорил о Бакшееве Нестеров, упоминая его имя в ряду имен лучших мастеров русского пейзажа конца XIX начала XX века, сожалея о том, что он «малодеятелен» в этом жанре.
Свидетельством высокой оценки Нестеровым Бакшеева-пейзажиста был эпизод, прозвучавший в самом начале 1890-х годов и отраженный в письмах тех лет. Нестеров пишет из Киева Бакшееву: «…Ваш пейзаж, по моему разумению (речь идет о полотне «Сарай», Башкирский государственный художественный музей им. М. В. Нестерова, Уфа, показанном на 31-й передвижной выставке), занимает первенствующее место, вызывая восторженные отзывы любителей истинного художества. Собирая коллекцию картин и этюдов для будущего музея на родине моей, в городе Уфе, я решаюсь обратиться к Вам (Василий Ник.) с предложением. Не пожелаете ли Вы (…) поменяться им со мною В[ашим] прекрасным пейзажем, причем, я могу предложить Вам акварельный эскиз картины моей «Великий постриг» и один из этюдов к новой картине».
Обмен состоялся, и вот выдержки из другого письма: «В настоящее время прекрасный пейзаж Ваш украшает мою мастерскую и доставляет мне истинное наслаждение».
Жизнь Бакшеева в искусстве, начиная с 1890-х годов, не ограничивалась его собственным творчеством. В 1897 году его приглашают преподавать в Училище живописи, ваяния и зодчества, которое десять лет назад он сам окончил. По многочисленным свидетельствам, он был одаренным педагогом, тактичным, внимательным. Для начинающего художника, по его убеждению, нужна была хорошая школа и одновременно стремление сохранить свою самостоятельность. Училище и в эти годы продолжало оставаться одним из главных центров художественной Москвы. В обновившийся состав преподавателей вошли Серов, Левитан, К. Коровин, Архипов, Касаткин. Они сделали из мастерских училища прекрасную творческую и дружескую среду. В разной степени, каждый в меру своей творческой и педагогическом одаренности, все эти художники формировали молодое поколение живописцев, вступивших и искусство в начале нашего века.
Тесные идейные, творческие, дружеские связи объединяли все эти годы Бакшеева с бывшими его соучениками — Нестеровым, А. М. Кориным, Малютиным. Свидетельством этой дружбы стал портрет Василия Николаевича, написанный С. В. Малютиным в 1914 году, вскоре после избрания Бакшеева академиком живописи. В облика художника, запечатленном в этом портрете, замкнутость и артистизм сочетаются с серьезностью и одухотворенностью. В. Д. Поленов, высоко оценивая искусство Малютина-портретиста, писал, что он «…в своих портретах поднялся на недосягаемую высоту умением схватывать сходство не фотографическое, но живое. Его портрет Бакшеева — это прямо живой Бакшеев».
Особенно много сил отдавал художник участию в деятельности Товарищества передвижных выставок. Долгие годы он был представителем Товарищества в Москве, состоял в деловой переписке с передвижниками-петербуржцами, хлопотал об устройстве выставок, о ведении дел, о судьбах, бедах, неурядицах в жизни художников. Деятельность в среде передвижников была наполнена глубоким смыслом. Слово «слуга» употребляли и за принадлежность к выставочному объединению, и в первоначальном значении — фуг, единомышленник, участник общего дела.